Hinsichtlich der Organisation führt die agile Transformation weg von isolierten und eigenständigen Mitarbeitern hin zu crossfunktionalen Teams. Agile Teams unterscheiden sich von gewöhnlichen Arbeitsgruppen durch ihre eigenverantwortliche und selbstorganisierte Arbeitsweise. Jedes Teammitglied trägt Verantwortung für die Ergebnisse des gesamten Teams. Erfolgreiche agile Teams sind interdisziplinär zusammengesetzt, damit sie ihre Aufgaben möglichst ohne externe Abhängigkeiten umsetzen können.

Im besten Fall gelingt es, auch die Führung ins Team zu integrieren. Das bedeutet – je nach aktuellem Teilziel und nächstem Schritt – übernimmt jeder im Team oder mehrere wechselseitig die Führungsaufgabe. Das ist jedoch, insbesondere für Mitarbeiter, die es nicht gewohnt sind, in der Verantwortung zu stehen, eine sehr massive Veränderung, die sich nicht von heute auf morgen umsetzen lässt.

Um bestmögliche Ergebnisse erzielen zu können, müssen die Aufgaben transparent und alle relevanten Informationen jederzeit frei verfügbar sein. Dazu gehört, dass Mitarbeiter nicht im Verborgenen arbeiten und Führungskräfte Informationen, die für eine erfolgreiche Erledigung von Aufgaben wichtig sind, nicht aus machtpolitischen Gründen einbehalten sollen.